你的【史前基因】Make You Crazy!

发布时间:2016-02-13 13:54     文章来源:     作者:

导读

现代人基因中包含古人种的基因(如尼安德特人)。研究人员通过比对28000个电子健康信息发现,这些史前基因,提高了现在人种患抑郁、皮肤病、血栓,以及其他疾病的风险。研究结果昨日发表在顶级期刊《Science》。

50,000年前的邂逅

 

很久很久以前,解剖意义上的现代人(AMH)离开非洲,来到亚欧大陆开枝散叶。他们遇到了其他大陆的古人种,从此一发不可收拾。。。

化石记录中发现,AMH和数个古人种在时间和空间中都存在重叠。且遗传学研究发现(R. E. Green et al., Science 328, 710–722 (2010) ),现代人种中包含古人种的部分基因,尤其是丹尼索瓦人和尼安德特人。他们的爱情发生在50,000年前,使得现代欧洲人中,包含约1.5%~4%的尼安德特人基因。

史前基因

 

现代欧洲人基因中尼安德特人基因存在一定的规律,比如在性染色体以及7号染色体q臂中(此染色体大约包含1000~1400个基因,此染色体异常会引起如“威廉斯综合症”的严重遗传病),尼安德特人基因就很少。说明,在特定染色体位置,史前基因很可能会导致不好的后果(S. Sankararaman et al., Nature 507, 354–357 (2014).)。

当然,事情不是绝对的,某些尼安德特人基因对现代人种就非常有利。这来源于他们离开非洲时间较长,适应了欧亚大陆气候、饮食以及一些高纬度疾病(L. Abi-Rached et al., Science 334, 89–94 (2011).)。遗传的选择压力,能够使得现代人对前人基因 “取其精华,去其糟粕” 。

近期有研究指出,基因组个别尼安德特人基因富集区,很有可能在皮肤以及毛发表型,脂代谢等生理过程发挥重要作用。但是传统的研究手段很难准确定位到尼安德特人种来源DNA,很难定义特定史前基因与人种特征的关系,且花费不菲。

大数据与生物信息学

 

研究人员整合了电子健康记录(EHRs)中的表型数据,将尼安德特人遗传图谱,与现代人个体遗传图谱进行比对。通过电子医疗记录-遗传学网络数据(eMERGE)(美国的一个联合医疗信息网络数据库),研究基因型以及表型特征,综合考量尼安德特人基因在现代人个体特征的表现规律。样本量总计28,416含有欧洲血统的美国人,EHRs系统内1689个疾病相关表型。

为了鉴别尼安德特人等位基因,研究人员使用了6000个最新的尼安德特人全基因图谱,和1000基因组项目(1KG)中现代人序列进行比对,查找基因渗透性。研究人员鉴定出了135,000个尼安德特人渗透基因中存在的单核苷酸多态型SNPs。

利用全基因组复杂特征分析(GCTA),研究人员建立了1495个尼安德特人SNPs和现代人46个高流行性表型之间的关系。排在前面的有抑郁(2.03%)、心肌梗死(1.39%)、部分皮肤病(1.26%)等。

为了揭示史前基因和现代疾病之间的直接关系,研究人员将这1495个SNPs和1152个电子健康记录中的表行数据进行PheWAS分析(PheWAS可以快速大范围的描述关键变异带来的影响,方法可以参照这篇文献:J. C. Denny et al., Nat. Biotechnol. 31, 1102–1110 (2013).)。利用eMERGE数据进行双向的meta数据分析,聚焦单个SNP和表型之间的关系。

信号强度最高的是外显子rs3917862。包含数个基因,与凝血和炎症有关。研究人员发现,尼安德特人等位基因能够显著上调选择素P(SELP)以及基因编码因子5(F5)表达,增加血栓生成的风险。第二相关性的是rs12049593,和硫胺素转运体有关(影响能量代谢)。除此之外,rs11030043,和帕金森相关。

PheWAS分析显示,尼安德特人SNPs似乎在神经/精神性表型中表现的比较活跃,印证了研究中表明的尼安德特人基因对抑郁的影响。

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