目前，人们已知肠道菌群是非常复杂并高度特异的，正常人的肠道中一般包括100-1000种微生物，各种微生物的种类和丰度和人们的健康是紧密相关的。然而，这些研究往往都是基于高通量测序技术对肠道菌进行的宏观描述，鲜有研究去深入调查各种细菌的表型或功能。甚至大多数科研工作者都抱着相同的看法：绝大多数的肠道微生物是不可培养的，能够在体外培养的肠道物，所占比例仅为1-5%。然而，事实真的是这样吗？
近期，发表在自然杂志上的文章Culturing of ‘unculturable’ human microbiota reveals novel taxa andextensive sporulation一举颠覆了这一观点，并向广大的科研工作者提供了一种现实可行的肠道基因组研究办法。
在该项研究中，研究者找到了一种新的肠道微生物培养办法，在厌氧环境下，通过一种含有YCFA的培养基即可在体外大量培养肠道微生物。研究人员采集了6例正常人粪便，在分离到肠道微生物后，将样品一分为二，一部分用于体外培养，另一部分用于宏基因组测序。体外培养的微生物在菌落形成后也进行高通量测序，最终的结果显示，粪便来源的肠道微生物宏基因组测序结果和培养后的肠道微生物测序结果具有高度的一致性，在6例样本中有多达93%的原始读长（raw reads）是一致的，经过拼装后（de novo assembly）的一致性依然高达72%。这向我们提示，大多数的肠道微生物其实是可培养的。另外，研究人员在培养中还发现了137种全新的微生物种类，并在体外将其单独培养，纯化。
该项研究通过将高通量的测序技术和传统的微生物培养方法结合起来，向人们提供了一种可行，严密的技术手段，研究人员通过体外培养，条件干涉等手段，即可对肠道微生物进行种群，丰度及功能方面的深入研究。同样，这一方法也适用于环境微生物研究等研究领域。
另辟蹊径！微生物研究新办法
发布时间：2016-07-27 10:55 文章来源：未知 作者：百替生物
著名战地记者，罗伯特卡帕曾经说“你拍的不够好，是因为你靠的不够近”，一语道出战地人像摄影的真谛：所有的不完美，都是因为你做的还不够好。这样的道理同样适用于科研领域。近年来，人类肠道菌群方面的研究一直是持续的热点，特别是通过宏基因组测序等手段，人们对肠道微生物，进行了各种各样的研究和描述。
目前，人们已知肠道菌群是非常复杂并高度特异的，正常人的肠道中一般包括100-1000种微生物，各种微生物的种类和丰度和人们的健康是紧密相关的。然而，这些研究往往都是基于高通量测序技术对肠道菌进行的宏观描述，鲜有研究去深入调查各种细菌的表型或功能。甚至大多数科研工作者都抱着相同的看法：绝大多数的肠道微生物是不可培养的，能够在体外培养的肠道物，所占比例仅为1-5%。然而，事实真的是这样吗？
近期，发表在自然杂志上的文章Culturing of ‘unculturable’ human microbiota reveals novel taxa andextensive sporulation一举颠覆了这一观点，并向广大的科研工作者提供了一种现实可行的肠道基因组研究办法。
在该项研究中，研究者找到了一种新的肠道微生物培养办法，在厌氧环境下，通过一种含有YCFA的培养基即可在体外大量培养肠道微生物。研究人员采集了6例正常人粪便，在分离到肠道微生物后，将样品一分为二，一部分用于体外培养，另一部分用于宏基因组测序。体外培养的微生物在菌落形成后也进行高通量测序，最终的结果显示，粪便来源的肠道微生物宏基因组测序结果和培养后的肠道微生物测序结果具有高度的一致性，在6例样本中有多达93%的原始读长（raw reads）是一致的，经过拼装后（de novo assembly）的一致性依然高达72%。这向我们提示，大多数的肠道微生物其实是可培养的。另外，研究人员在培养中还发现了137种全新的微生物种类，并在体外将其单独培养，纯化。
该项研究通过将高通量的测序技术和传统的微生物培养方法结合起来，向人们提供了一种可行，严密的技术手段，研究人员通过体外培养，条件干涉等手段，即可对肠道微生物进行种群，丰度及功能方面的深入研究。同样，这一方法也适用于环境微生物研究等研究领域。