NCBI数据库使用方法快速入门!

发布时间:2020-03-17 11:44     文章来源:未知     作者:百替生物

NCBI是最大的基因数据库,收录了多种生物的核苷酸序列,并标有编码区特征注释和氨基酸翻译。今天小编就为大家介绍如何通过NCBI搜索物种的蛋白质组信息~(NCBI官网:www.ncbi.nlm.nih.gov)

 
 

蛋白质组数据库下载

 

 

1、在首页选择“Taxonomy数据库”(共收录有将近300,000种物种信息,分类数据库以每月增加2200个新分类单位的速度在增长),入物种的拉丁文名称点击“Search”

 

 

2、在Taxonomy界面,会显示该物种的Nucleotide和Protein,选择“Protein”

 

 

3、在Protein界面,点击“RefSeq”(该数据库包括具有生物意义上的非冗余基因、转录本和蛋白序列,使用人类基因命名委员会定义的术语,并且包括了官方的基因符号和可选的符号):

 

 

4、然后点击“Send to”,下载该物种的蛋白序列数据库,文件格式通常是FASTA格式,得到的“sequence.fasta”文件,可以通过记事本或Excel打开:

 

 

 

蛋白信息查询

 

 

5、将该文件导入搜库软件,可对蛋白进行定性分析,继而得到差异蛋白。在NCBI首页选择“Protein”,并输入差异蛋白的Accession Number,点击“Search”

 

 

6、在Protein界面,就会显示该蛋白的信息(如氨基酸个数、蛋白名称、蛋白序列和CDS序列等):

 

 

一般情况下,如果蛋白质组所研究的物种已经被测序,推荐使用Uniprot数据库作为搜库的数据库,如果所研究的物种在Uniprot数据库中蛋白数据较少,推荐使用NCBI数据进行搜库。

 

好了,今天的介绍就到这里,感兴趣的小伙伴们收藏起来吧~希望对大家有所帮助!

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